进入现代,瓯江的渔业资源经历了显著的衰退。虽然近年来保护措施初见成效,部分数据有所恢复,但整体状况仍不容乐观。
物种多样性下降:2016年的调查显示,瓯江流域温州段仅发现90种鱼类。在瓯江口,2021年采集到的鱼类种类仅在59种左右,较2007年减少了22种,较上世纪七十年代减少近一半。
捕捞量锐减:单位捕捞渔获量在2010年的调查中仅为25%,而1972年时为100%。
标志性鱼类濒危与部分物种显露复苏迹象:
凤鲚,曾是优势经济鱼种。资源从20世纪90年代的年产量五六百吨骤降至33吨(2018年)。
刀鲚,资源波动剧烈。曾在2012年出现产量高峰(达300多吨),但2011年也曾跌至不足2010年的十分之一。
花鳗鲡,已处于濒危状态。这种国家Ⅱ级保护野生动物已十分罕见,在2011年,曾有市民在楠溪江捕捉到一条长1.2米、重6公斤的个体。
新物种出现:值得欣喜的是,近年来瓯江生态系统的恢复工作初见成效,出现了瓯江小鳔鮈等鱼类新物种。