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Hortic Res | 华中农业大学番茄团队揭示番茄果实柠檬酸积累的基因组遗传变异

  • 2026-05-17 08:16:38
Hortic Res | 华中农业大学番茄团队揭示番茄果实柠檬酸积累的基因组遗传变异

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番茄因其丰富的营养价值和风味而深受消费者喜爱。然而，一段时间以来，育种家更加重视番茄果实的商业性而一定程度上忽略果实的风味。柠檬酸是决定番茄风味的重要组分，也参与果实内部多种生理代谢活动。揭示番茄中柠檬酸积累的遗传基础，有助于加快番茄果实风味的遗传改良，满足消费者对番茄风味的需求。

2024年3月，Horticulture Research在线发表了华中农业大学果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室番茄课团队题为Genome-wide variants and optimal allelic combinations for citric acid in tomato的研究论文。本研究在课题组前期对苹果酸含量遗传位点深入探索的基础上，进一步系统性地鉴定了调控番茄柠檬酸含量的关键基因组位点，提出了提升番茄柠檬酸含量等位基因组合方案，为开展优质风味番茄的精准设计育种提供了选择靶标和理论依据。

本研究基于全基因组的SV、Indel和SNP变异，对番茄果实柠檬酸含量进行了全基因组关联分析，通过连锁不平衡和基因型分析，确定了11个高可信候选基因（图1和2）。对候选基因的转录组数据分析发现，部分候选基因的表达与柠檬酸代谢变化之间高度相关。基于基因聚类分析和表达相关性分析，3个候选基因可能对柠檬酸积累起正向调控作用，其余候选基因起负调控关系。从群体分化分析上可知，番茄中柠檬酸含量变化主要受番茄改良阶段的影响。高柠檬酸基因型的数量聚合有助于提高番茄柠檬酸含量。其中qTFC2.4与qTFC10.2基因启动子区分别检测到85 bp与1 bp的插入变异，改变了各自基因的表达水平，促进柠檬酸在相应基因型材料中的显著积累。在此基础上，明确了促进番茄果实柠檬酸积累的11个基因位点变异组合。

图 1 QTL qTFC2.4的鉴定与候选基因分析

图 2 QTL qTFC10.2的鉴定与候选基因分析

华中农业大学果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室/湖北洪山实验室番茄团队博士后盖文贤为该论文的第一作者、张余洋教授为通讯作者。该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金以及湖北洪山实验室等项目的共同资助。

文章链接：
https://doi.org/10.1093/hr/uhae070
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《园艺研究（英文）》（Horticulture Research）是由南京农业大学主办的学术期刊，主要刊载园艺作物的基础和理论研究，包括遗传学、育种、组学和演化、园艺作物的起源及驯化、生物技术、生物化学、生理学和细胞与分子生物学，环境互作生物学等。科睿唯安JCR2022影响因子：8.7，位于园艺一区（第1/36名），植物科学一区（第12/238名），遗传学一区（第14/171名）。2023年中科院期刊分区：位于园艺小类一区，植物科学小类一区，遗传学小类一区，农林科学大类一区（Top期刊）。入选中国科技期刊卓越行动计划领军类期刊。

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特邀作者：盖文贤
排版：赵倩莹（实习）
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