1、不能与杀菌剂混合使用，防治根腐病、根癌等土传病害。3、与化肥混用要注意化肥用量不能过大，高浓度的化学物质对菌肥里的微生物有毒害作用。4、注意温度过高、过低、干旱条件下的作物田块不建议施用生物菌肥，会影响菌肥活性。
5、注意不要冲施生物菌肥，因为水会冲散菌群，影响菌肥效果。
6、注意菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。通常把有机质称为生物菌的载体，也就是说有机质是生物菌赖以生存的食物。所以一定记得补充土壤有机质来确保菌肥功效！
菌肥生产中载体很重要，关乎菌的活性能力。土壤中有足够的有机物或腐殖质时微生物才能更好的生存繁殖起作用，激活其他营养元素。微生物菌在土壤中作用主要是产生各种酶，分解各种养分，产生各种酸和二氧化碳，给作物提供更多养分。而微生物菌要成活和繁殖，土壤中要有足够的有机质才行。所以我们提倡有机肥和菌肥搭配使用！
土壤有机质含量足，土壤理化性状就好，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。
缺了有机质的土壤含水性差，各类肥料溶液向作物根部“表达”能力差，致使根系生长的内在刺激不足。土壤有机质缺失，会使化肥对土壤板结影响的烈度更加明显。而有机质丰富，化肥的利用率就大大提高了，化肥残留于土壤中的硫酸根、氯离子、亚硝酸盐等物质会转化为水溶有机化合物， 以及丰富的土壤微生物的多重作用而无害化，使土地可以永续耕作。
所以归根结底，化肥“使土壤板结”的负面作用并不是化肥之过，而是人们忽视了向土壤施用足量的有机肥料的结果。
土壤中有机质不足，微生物繁殖所需的碳源不足，致使根际微生物群落稀疏，根系生长的外源刺激太弱，根系就失去了生长的外部刺激。
土壤板结和药害（土壤中农药残留严重）造成农作物多种病害。如果土壤中有机质丰富，这些危害是可以减轻甚至是可以避免的。所以请切记！施用菌肥，别忘了补充有机质！
