Hortic Res | 广东省农业科学院蔬菜研究所联合华中农业大学组装高质量中国南瓜T2T基因组并揭示调控果实重要性状的遗传基础

中国南瓜（Cucurbita moschata）作为全球广泛栽培的重要蔬菜作物，具有极高的营养价值、优异的抗逆性以及极长的货架期，在保障食品和营养安全方面发挥着重要作用。南瓜的果实性状（如形状、大小、果肉厚度等）具有极其丰富的表型多样性。然而，高质量参考基因组的缺乏限制了南瓜果实性状的遗传解析及分子育种。

2026年第6期，Horticulture Research上线了（Advance Access）广东省农业科学院蔬菜研究所联合华中农业大学题为 Telomere-to-Telomere Genome Assembly of Pumpkin (Cucurbita moschata) Facilitates QTL Identification of Fruit Traits 的研究论文。该研究成功组装了端粒到端粒（T2T）的中国南瓜基因组，并结合高密度遗传连锁图谱，解析了南瓜果实核心性状的遗传基础。

该研究以综合性状优良的中国南瓜自交系YGX2019为材料，利用 PacBio HiFi、ONT ultra-long、Illumina 及 Hi-C 测序技术，组装了一个大小为289.6 Mb、Contig N50 达11.2 Mb的T2T级别基因组。该基因组包含20条染色体上的40个端粒，其中13 条染色体由单一Contig构成。相比于早期基于二代测序技术的参考基因组，新组装极大地提升了基因组的连续性与完整性，成功解析了42.6 Mb的新增序列，其中91.96%的序列是以转座子为主的重复序列。

文章链接：

https://doi.org/10.1093/hr/uhag141

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About Horticulture Research

《园艺研究（英文）》（Horticulture Research）是由南京农业大学主办的学术期刊，主要刊载园艺作物的基础和理论研究，包括遗传学、育种、组学和演化、园艺作物的起源及驯化、生物技术、生物化学、生理学和细胞与分子生物学，环境互作生物学等。科睿唯安JCR2024影响因子：8.5，位于园艺一区（第1/45名），植物科学一区（第10/273名），遗传学一区（第11/191名）。2026年新锐分区：位于园艺小类一区，植物科学小类一区，遗传学小类一区，农林科学大类一区（Top期刊）。2019年入选中国科技期刊卓越行动计划一期领军期刊，2024年入选中国科技期刊卓越行动计划二期英文领军期刊、2025年入选江苏科技期刊卓越行动计划领军期刊。

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特邀作者：路祎明

编辑排版：王平、周涛（实习）

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