1. 中药材种植属于农业生产范畴。中药材产业的第一环节是种植或者养殖，而药材种植本质上就是农业活动。许多中药材是经济作物如金银花、黄芪、当归、丹参、黄精等，其种植技术、土壤管理、病虫害防治、良种繁育等，与普通农作物管理高度相似。农业部门具有完整的农技推广体系、植保、土肥、种子管理等职能，能够直接服务中药材种植环节。因此，把中药材产业放在农业部门，符合归口管理的原则。
2. 县域中药产业以种植为主，产业链重心在前端。县域经济中，中药材产业往往以种植基地、农户生产、初加工为主，精深加工、制药、流通等环节相对较为薄弱。大部分县域的优势是种出好药，而要把中药生产环节做好，只有很少的县域能够做到。农业部门擅长抓基地建设、标准化种植、产量提升、农民组织化等，这与县域中药材产业的主要任务高度匹配。相比之下，药监、工信等部门在县域层级力量薄弱，且更侧重药品质量监管和工业制造，难以承担种植推广职能。
3. 农业部门掌握大量涉农项目资金和政策工具。中药材产业在县域常被定位为特色农业产业、富民产业、乡村振兴支柱产业。农业部门拥有乡村振兴领域专项资金、特色产业奖补、农业产业化、农民合作社、产业强镇、产业集群等项目资源。这些政策资金可以直接用于中药材种植基地建设、仓储初加工设施、种苗繁育、技术培训等。将中药材产业放在农业部门，有利于整合涉农资金，形成政策合力。
4. 机构设置和职能配置的现实需要。县级机构编制有限，部门职能相对宽泛。中医药管理局在县级往往不单独设立，多挂靠在卫健局，且主要管中医医疗、中药质量相关中医药事务，缺乏产业推动能力。林业部门只管木本药材（如杜仲、厚朴、黄柏等）和林下中药材，覆盖范围有限。工信、商务、药监等部门在县域力量更弱，难以承担全面的产业管理职责。农业农村局作为县级大部门，有人员、有网络、有项目，自然成为中药材产业管理的首选部门。
5. 历史沿革和管理惯性促成的结果。过去中药材生产曾由供销社、医药公司、农业部门等多头管理。随着机构改革，中药材种植环节逐步明确归口农业部门。特别是2018年机构改革后，不少地方将中药材产业发展职能进一步整合到农业农村部门，成立“中药材产业发展中心”或“特色产业办”等机构。这种管理格局延续至今，形成路径依赖。
6. 便于对接上级考核和产业政策。国家和省级层面出台的中药材产业发展政策，很多由农业农村部门牵头或参与。例如，农业农村部有“中药材产业技术体系”“优势特色产业集群”“农业产业强镇”等项目，且资金量巨大，对产业初期的发展很有大的促进作用。县域由农业部门主管，便于向上争取项目、对接考核、报送数据，也便于将中药材纳入“一县一业”“一村一品”等农业产业规划。
当然，并非所有县域都把中药产业的发展统筹放在农业部门。部分地区根据产业特点和机构设置，也有不同安排：
如有的县由中医药管理局（或卫健局）牵头，侧重中药全产业链和药旅融合，如安徽亳州市；
有的县由林业部门主管木本药材或者林下中药材发展，如湖南的新晃县；
有的县成立中药材产业发展领导小组，办公室设在农业农村局或工信局，实行多部门协作，如陕西的镇坪县；
还有部分县域甚至成立了专门的中药产业管理机构，如浙江的磐安县、湖南的安化县等。
