3.1 气候梯度驱动下大陆尺度微生物多样性的非线性低幅变异 (R2 = 0.09–0.21)
图1：采样点土壤微生物多样性的全球分布格局。（a）细菌/古菌（16S rRNA基因）和真菌（ITS）群落测序样本的地理分布（按经纬度标绘）。图中界线仅示意研究区域范围，不代表公认国界。（b）采样点气候变化，以年均气温与年降水量表示。（c）16S与ITS数据集香农熵随年均温的变化（拟合曲线来自广义加性模型，GAM）。（d）16S与ITS数据集香农熵随最干旱季度均温的变化（GAM）。其他生物气候变量与多样性的关系见附图S1。（e、f）16S（e）与ITS（f）数据集在主要陆地生物群落中的箱线图。生物群落类型依据样本元数据中的生态区划分，不含土地利用类别。农业土壤作为跨生物群落的土地利用类型单独分析，未纳入本图。
3.2 自然与农业土壤微生物群落和功能性状的差异
图2：土地利用对全球土壤微生物多样性与群落组成的影响。（a–b）基于主坐标分析（PCoA）的细菌/古菌（16S，a）和真菌（ITS，b）群落结构，按颜色区分自然土壤与农业土壤。（c–d）自然与农业土壤中细菌/古菌（c）和真菌（d）香农熵的箱线图。（e–f）基于ANCOM-BC分析的火山图，展示在自然或农业土壤中显著富集的属（16S rRNA基因，e；ITS，f）。星号（*）表示仅能归于更高分类级别的未描述属；灰色虚线表示调整后的显著性阈值（p-adj < 0.001）。（g–i）自然与农业土壤中真菌功能类群相对丰度箱线图：（g）植物病原菌，（h）腐生真菌，（i）外生菌根真菌。
3.3 农药施用对农业土壤微生物多样性、功能群及群落结构的影响
图3：农业活动对土壤微生物多样性、功能类群及群落组成的影响。（a）施用与未施用农药的农业土壤中细菌/古菌（16S）和真菌（ITS）群落的香农熵。（b–d）施用与未施用农药土壤中真菌功能类群的相对丰度：（b）植物病原菌，（c）外生菌根真菌，（d）腐生真菌。（e–f）基于ANCOM-BC分析的火山图，展示施用与未施用农药土壤中显著富集的属：（e）16S数据集，（f）ITS数据集。（g–j）与（a–d）相同的比较，但仅针对施用与未施用化肥的农业土壤。（k–l）施用与未施用化肥土壤中显著富集属的火山图：（k）16S，（l）ITS。（m–p）与（a–d）相同的比较，但仅针对无机肥与有机肥处理的土壤。（q–r）无机肥与有机肥处理间显著富集属的火山图：（q）16S，（r）ITS。星号（*）表示仅能归于更高分类级别的未描述属；所有火山图中的灰色虚线表示调整后的显著性阈值（p-adj < 0.001）。（a–p）箱线图中显著性标记：*p < 0.05；**p < 0.01；***p < 0.001；n.s.，不显著。
3.4 施肥对微生物群落的选择性影响及网络内聚力的削弱
图4：农业活动对土壤微生物共现网络结构的影响。（a）基于16S rRNA基因（上图）和ITS（下图）数据集推断的共现网络，对比施用与未施用农药的农业土壤。节点大小代表节点度（即该分类单元的连接数）。（b）施用与未施用化肥土壤微生物网络。（c）箱线图汇总了两组网络指标，包括聚类系数、网络密度和模块化。图中所有“施用 vs 未施用”的呈现差异显著（p < 0.001）。网络推断基于SparCC相关性（阈值 = 0.3），网络特征（聚类系数、网络密度和模块化）基于50次抽样（bootstrap）计算，详见方法部分。
3.5 有机肥与无机肥对土壤微生物群落影响的差异
图5：肥料类型对土壤微生物共现网络结构的影响。（a）基于16S rRNA基因（上图）和ITS（下图）数据集推断的共现网络，对比施用无机肥与有机肥的土壤。节点大小代表节点度（即该分类单元的连接数）。（b）箱线图汇总了两组网络特征，包括聚类系数、网络密度和模块化。***p < 0.001；n.s.，不显著。网络推断与指标计算均按方法部分描述的NetCoMi-SparCC流程执行。
