中国农业大学是我国现代农业高等教育的起源地，其历史起自于京师大学堂农科大学。1898年，中国近代意义上第一所国立综合性大学——京师大学堂建立，1905年，作为京师大学堂八个分科大学之一的农科大学开始筹建，这是形成中国农业大学的最早源头。
从1905年到1949年，学校经历了晚清、北洋和国民政府三个时期，校名和组织机构也随政局变迁不断演变。
1914年2月，农科大学改组为国立北京农业专门学校，开始独立办学，以“教授农业高等学术，养成专门人才”为办学宗旨，是当时北京著名的国立八校之一。1923年3月，北京农业专门学校改为国立北京农业大学，以“ 改进农业及农民生活，培养各种农业专门人才，期与农民通力合作，蔚成农村立国”为新的办学宗旨。1928年，国民政府改北京为北平，实行大学区制，将北京国立九校合并组建国立北平大学，农大旋即改为国立北平大学农学院。
1937年抗日战争爆发后，北平大学迁往西安，与北平师范大学和北洋工学院等院校组成西安临时大学。1938年，国民政府教育部以“发展西北高等教育，提高边省文化”为由，命令西安临时大学南迁汉中，改为国立西北联合大学，临时大学农学院改为西北联大农学院。同年7月，西北联大农学院与国立西北农林专科学校合并，组建国立西北农学院。
1946年10月，北京大学在北平复学，于原北平大学农学院院址重建农学院，作为北平大学农学院的恢复和延续。北京大学农学院汇聚了一大批学界才俊，并建立起比较完善的院系体制，为当时全国农业院校之冠，其中，土壤肥料学系和兽医学系更是国内仅有。
1949年7月，辅仁大学农学院并入北京大学农学院。
中国农业大学的第二支源头是清华大学农学院。1921年，清华学校开办农科，设立作物学、果树园艺学、畜牧学等课程，以为志愿赴美学农之选修。1934年，清华大学创办农业研究所。在抗战期间，农业研究所先后在河北及云南地区开展了大量植物病理、生理和昆虫学调查和研究，培养储备了一批农业科学技术人才，在艰苦的战争年代里，为中国农业科学做出了宝贵的贡献。1946年，清华大学复员北平，以农业研究所为基础，正式成立农学院。
中国农业大学的第三支源头是华北大学农学院。学院前身是1940年中共中央创办的延安自然科学院生物系。1943年，延安自然科学院并入延安大学，1944年，自然科学院生物系改为农业系。内战期间，自然科学院向华北地区转移。1947年3月，为了“开展农村大生产运动，为战争和人民服务”，晋冀鲁豫边区以原自然科学院农业系为基础，在山西长治建立北方大学农学院。1948年7月，北方大学与华北联合大学合并成立华北大学，农学院随之改为华北大学农学院，迁往河北石家庄。
1949年9月29日，北京大学、清华大学、华北大学三所大学的农学院合并，组建成新中国第一所多科性、综合性的新型农业高等学府，并于1950年4月，正式命名为北京农业大学。此时，学校已基本形成了学科门类相对齐全的农业高等教育和科技研究中心，对我国农业高等教育和现代化建设的意义重大，得到国家的高度重视。
1954年和1984年，北京农业大学分别被国务院列为全国六所重点院校和全国重点建设的十所高等院校之一。
1952年全国高校院系调整，北京农业大学农业机械系与中央农业部机耕学校、华北农业机械专科学校合并成立北京机械化农业学院。1953年1月，平原农学院部分师生并入北京机械化农业学院。同年7月，更名为北京农业机械化学院。1960年10月，学校进入全国重点大学行列。1985年10月北京农业机械化学院改名为北京农业工程大学。
1995年9月，经国务院批准，北京农业大学与北京农业工程大学合并成立中国农业大学，成为一所规模更大、学科设置更趋综合化的新型农业大学，江泽民同志亲自为学校题写校名。中国农业大学的历史自此翻开了新的一页。
1995年，学校被列入国家重点建设“211工程”高校；2004年，学校进入国家重点建设的高水平大学“985工程”高校行列。
2003年5月4日，国务院总理温家宝视察中国农业大学，发表了重要讲话。2005年10月13日，全国人大常委会吴邦国委员长视察中国农业大学，祝贺农大建校百年，鼓励学校再创辉煌。2009年5月2日，中共中央总书记、国家主席胡锦涛视察中国农业大学，与师生代表亲切座谈，对青年学生提出了殷切期望，对学校提出了“加快建设世界一流农业大学步伐”的要求。2010年5月2日，胡锦涛总书记给中国农业大学师生回信，鼓励全校师生为发展现代农业作出更大贡献。2012年9月15日，习近平等党和国家领导同志来校参加全国科普日北京主场活动，在视察学校时要求学校教书育人和党的建设“两手抓两促进两不耽误”，“真正建成有中国特色的、具有农业特色的一流大学”，为学校发展进一步指明了方向，极大激发了全校师生的责任感和使命感。
解民生之多艰，育天下之英才，是我校百年不变的追求。数代农大人情系乡土，忧患苍生，为实现中国人千百年来的温饱和富庶之梦不遗余力，与祖国和人民保持着最紧密的血肉联系，形成了学校特有的勤勉持重、爱国忧民的精神传统和严谨求实、厚德博学的办学传统。今天的中国农业大学，保持着农业优势学科，发展着多种新兴学科，同瞬息万变的世界紧密相连，与日新月异的科技同步发展，正朝着中国特色、农业特色的世界一流大学目标阔步迈进。
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