学院源于1958年创办的东北农学院农田水利工程专业,后发展成为东北农业大学工程学院水利系,2000年11月正式组建成立。2016年9月,更名为水利与土木工程学院。2026年4月,更名为水利科学与工程学院。目前已成为黑龙江省水利高等教育的优势力量。
学院具有培养多层次专业人才的能力,专业特色鲜明,学科优势明显,是省内唯一同时具有学士、硕士、博士3级学位授予权的水利类学院。设有农业水利工程、水利水电工程、水文与水资源工程3个本科专业,水利工程一级学科博士点、农业水土工程二级学科博士点、寒地黑土工程二级交叉学科博士点、土木水利专业学位硕士点;拥有农业水土工程、水文学及水资源2个省级领军人才梯队;拥有教育部和农业农村部等5个省部级重点实验室;设有水利水电工程等成人继续教育站点。
全院教职员工113人, 其中, 专任教师86人, 实验技术人员11人;教授23人,正高级工程师1人;博导32人,硕导60人。拥有国务院学位委员会学科评议组成员、国家杰出青年科学基金获得者、科技部“中青年科技创新领军人才”1人、国家级重大人才工程入选者7人次、国家优秀青年科学基金获得者2人、享受国务院政府特殊津贴人员、教育部新世纪优秀人才支持计划入选者1人、农业农村部“神农青年英才”2人、“龙江学者”特聘教授等各类人才称号79人次、全球前2%顶尖科学家榜单入选者6人、终身科学影响力排行榜单入选者2人; 省级教学名师2人。学院先后荣获黑龙江省教育系统“教书育人管理育人服务育人”先进集体等称号。
学院依托自身优势,通过承担河湖生态健康评价、冰上旅游区域施工与安全运行、智慧灌区建设、流域防洪风险规划、高科技农业园区规划、水土保持规划等项目,服务于黑龙江省乃至我国北方寒区的农业生产实践,为区域社会经济可持续发展做出了重要贡献。面向未来,学院将立足龙江,坚守教书育人初心、践行振兴水利使命,建设“国内一流、国际知名”的品牌水利学院,在黑龙江省农业农村现代化建设中作出新的贡献。