设施农用地占用耕地属于农用地内部结构调整，根据《土地管理法》《自然资源部 农业农村部关于改革完善耕地占补平衡管理的通知》（自然资发〔2024〕204号），无需缴纳耕地开垦费，纳入耕地总量动态平衡管控，由县级人民政府负责统筹落实补充耕地任务；其中，对工商企业等流转土地占用耕地的，各地应依法严格审查审核，采取规划管控、经济调剂等手段进行科学引导。
需要提醒的是，一要加强设施农用地备案管理，严格依据规定审核设施建设内容和用地相关安排，不得为不符合规定的用地，特别是非农建设用地办理设施农用地备案手续。二是变更调查中不能单纯依据备案内容和范围进行变更，也不能为明显不符合地类标准的用地进行变更，要依据实地用地情况如实变更。设施农用地备案后，要与变更调查成果进行对照，对明显不符合用地范围和用地地类的非农建设用地，应当纳入违法用地依法查处。
