2024 年9月至2025年2月，审计署审计了农业农村部预算执行等情况，根据2025年第1号公告，共反映该部44个问题，问题总金额24.9亿元，闲置土地房产等34.73万平方米。该部和其他部门相比，突出问题是下属企事业单位薪酬管理问题较多。
例如：
1.2023 年至2024 年，所属中国农村技术开发中心违规向员工发放奖励资金337.2 万元，其中2024 年155.6 万元。（所属中国农村技术开发中心已停止发放相关奖励资金）
2.2023 年，所属中国农业科学院哈尔滨兽医研究所领导班子奖励性绩效工资是普通职工的8.3 倍，不符合事业单位领导人员与职工平均收入水平保持合理关系的规定。（所属中国农业科学院哈尔滨兽医研究所制定领导班子绩效薪酬管理办法，明确领导班子年度绩效工资平均水平不超过全所职工平均水平的3 倍）【降幅挺大，但是不清楚总薪酬怎么管控的，央国企是6-8倍。】
3.2017 年至2023 年，所属中国动物卫生与流行病学中心未经农业农村部批准自行执行地方政策，发放精神文明奖3486.61 万元。（所属中国动物卫生与流行病学中心已停止按地方政策发放精神文明奖。）
4.2021 年至2024 年9 月，所属中国动物卫生与流行病学中心为单位职工超额缴纳职工养老保险和职业年金95.65 万元，其中2024 年13.8万元。（所属中国动物卫生与流行病学中心已按所在地社保部门核准的基数，缴纳职工养老保险和职业年金）
5.2014 年至2024 年9 月，所属中国动物卫生与流行病学中心和下属青岛易邦生物工程有限公司2 名人员违规在所属企业等兼职（任职）取酬。（所属中国动物卫生与流行病学中心重申经批准兼职人员不得从兼职企业取酬的要求；下属青岛易邦公司已停止发放兼职人员报酬）
6.2021 年至2023 年，所属中国动物卫生与流行病学中心下属青岛易邦生物工程有限公司未经集体决策和批准，向企业领导班子成员发放高额薪酬。（所属中国动物卫生与流行病学中心修订下属青岛易邦公司章程及薪酬制度，明确经该中心审核决定后再发放青岛易邦公司高管薪酬，并缩小中高层管理人员与普通员工薪酬差距。）
涉及薪酬类问题的整改标准似乎不统一，农业农村部这些问题都是下不为例，没有要求退回，可能是法不责众吧！但是某些央国企业整改力度很大，比如，某企业集团要求将人社部门发放的女职工产假期间生育津贴严格纳入工资总额，而且下属企业不退回就停发工资，为了整改也是拼了，不知道劳动法是否赋予了如此整改权力？国资委是否提出了这样的整改要求？！
