某自然资源局拟处罚决定的核心依据，在于其直接认定甲公司未经批准，擅自于2025年9月初占地建设生态菌类大棚种植项目的总面积共计2403.24平方米，并直接适用《中华人民共和国土地管理法》第七十七条关于“非法占用土地”及“限期拆除”的规定。
对此，甲公司认为，该认定在法律性质的判断上存在偏差，未充分考虑设施农业用地的特殊管理政策，属于适用法律错误，具体如下：
设施农用地本质仍为农用地，不需要按照《中华人民共和国土地管理法》第四十四条办理农用地转用审批手续
根据《中华人民共和国土地管理法》第四条的规定，国家实行土地用途管制制度，将土地分为农用地、建设用地和未利用地。根据自治区自然资源厅 自治区农业农村厅《关于进一步加强和规范我区设施农业用地管理的通知》（桂自然资规〔2020〕3号）的规定，设施农业属于农业内部结构调整，可以使用一般耕地，不需要落实耕地占补平衡。生产经营过程中或结束后，设施不再使用的，应按要求进行土地复垦，原地类为耕地的应按照“数量不减少、质量不降低”的原则复垦为耕地。故设施农业用地仍属农用地范畴，在设施农业用地建设农业设施的行为，在法律性质上并未改变为“建设用地”，仍属于“农用地”范畴内的具体使用方式，其行政管理核心在于确保“农地农用”，以备案制落地，而非适用建设用地的许可审批模式。
另外，《国务院办公厅关于推广行政备案规范管理改革试点经验的通知（国办函〔2022〕110号）》明确规定，“行政备案是指行政机关根据公民、法人或者其他组织依法报送的相关材料，经审核予以存档备查的行为”，“对行政备案事项，不得规定经行政机关审查同意，企业和群众方可从事相关特定活动”，“坚决纠正以备案之名行许可之实。”故本案情形不适用《中华人民共和国土地管理法》第四十四条的规定。
《中华人民共和国土地管理法》第七十七条、《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十七条以及《广西壮族自治区自然资源行政处罚裁量办法》（桂自然资规〔2022〕1号）相关规定的适用前提是“擅自将农用地改为建设用地”，不适用于本案设施农业用地未上图入库的情形
上述法条的严厉处罚措施针对的是违反土地利用总体规划，改变土地根本用途，将农用地转用于非农建设的违法行为。案涉项目建设行为系围绕农业生产活动展开，仅是尚未完成上图入库，并未将土地用于商住、工业、旅游等非农建设。因此，直接援引上述法条中“限期拆除”“并处罚款”的罚则，属于法律适用不当。
对于本案设施农业用地未上图入库瑕疵，行政监管应遵循过罚相当原则、教育原则和信赖利用保护原则，优先采取纠正、补正措施，而非施以拆除并重罚
根据自然资源部办公厅于2021年3月23日印发的《关于开展2021年卫片执法工作的通知》规定，对发现实际用途确属设施农业项目用地但没有进行备案的，要标注“未备案”，督促备案，规范管理。根据该通知，对于未履行备案手续的行为只是要求督促备案，故对未经备案占用一般耕地的设施农业项目，不应按违法占地行为进行处罚，只需督促经营者补办备案手续即可，而非“一刀切”地认定为非法占地并施以拆除重罚。
本案中，甲公司已完成设施农用地备案，仅是尚未完成上图入库手续，根据自治区自然资源厅 自治区农业农村厅《关于进一步加强和规范我区设施农业用地管理的通知》（桂自然资规〔2020〕3号）的规定，乡政府应按要求在7个工作日内将用地协议、设施农业建设方案、乡镇备案证明等上报某自然资源局完成上图入库工作。故上图入库的职责不在甲公司。
即使进行处罚，处罚幅度裁量也应考虑甲公司的积极表现与行为后果
甲公司在某自然资源局调查过程中，始终积极配合，主动说明情况，多次表达愿意补正手续、接受规范的积极态度。案涉项目建设用于农业生产，根据行政处罚过罚相当的原则，即便认定存在不规范之处，在裁量处罚方式和罚款数额时，也应充分考虑上述情节，选择从轻或较低的处罚标准。某自然资源局拟作出的责令退还土地、限期拆除及每平方米310元、总计745,004.4元的罚款，显然未体现裁量上的合理考量，处罚过重。
